Sophia Dorothea kết hôn với người anh em họ, Hoàng thái tử Frederick William của Phổ, người sẽ kế vị ngai vàng ở Phổ, vào ngày 28 tháng 11, 1706. Họ đã từng gặp mặt nhau vào thời trẻ khi mà Sophia Dorothea được chăm sóc bởi bà nội, Sophia của Hannover, và họ không ưa nhau. Sophia Dorothea đối lập với chồng bà về mọi thứ và cuộc hôn nhân có vẻ như bị gượng ép. Một trong những sự đối lập lớn giữa họ là Sophia thích những trò giải trí; trái với chồng bà.[3] Frederick William đã có ý định li hôn ngay vào năm đầu tiên sau khi thành hôn, và chỉ trích những bức thư của Sophia Dorothea, ông cáo buộc rằng bà không muốn kết hôn với mình.[4]. Không hiểu vì sao mà họ không li hôn khi đó.